Православная Церковь в Чешских землях и Словакии продолжает миссионерскую работу славянских апостолов св. Кирилла и св. Мефодия, которые пришли на эту территорию в IX веке. После ухода святого Мефодия в 885 году их миссия была последовательно сокращена силой и в конечном итоге была заменена Римско-католической церковью. Позже чешская территория попала под Австро-Венгерскую империю, а православные священники из Австрии служили православным верующим.
Чехия под юрисдикцией РПЦ
Во второй половине XIX века и особенно в XX веке многие верующие вернулись в Православную Церковь и основали Чешскую православную епархию под юрисдикцией Сербской Православной Церкви. В 1942 году епископ был казнен фашистами, а Чешская православная церковь была объявлена вне закона. После окончания мировой войны Чешская православная епархия присоединилась к юрисдикции Русской Православной Церкви.
Автокефалия Словакии
Православная Церковь на территории современной Словакии была частью епархии Мукачево (Украина) до конца 17 века. После принудительной ликвидации Православия и последующего создания униатской (греко-католической) Церкви православным верующим в Словакии служили священники Сербской Православной Церкви с территории Венгрии. После окончания мировой войны была создана епархия Мукачево и Прешова под юрисдикцией Сербской Православной Церкви. После второй мировой войны православные верующие, которые жили в Словакии, просили Русскую Православную Церковь для их собственной юрисдикции. В 1950 году была создана православная епархия Прешова. В 1951 году Русская Православная Церковь предоставила Православную Церковь в Чехословакии автокефалию. Это не было признано Вселенским Патриархатом, которое, однако, было предоставлено его Томосом после разрешения канонических вопросов, автокефалия в 1998 году в Православную Церковь в Чешских землях и Словакия.
Епархии
В Словакии церковь имеет две епархии, где проживает около двух третей ее членов, а две в Чешской Республике — одна треть ее членов. Высшим органом церкви является церковный совет. В связи с тем, что церковь существует на территориях двух независимых республик, она имеет два исполнительных органа: Митрополит Православной Церкви в Чешской Республике в Праге и Митрополит Православной Церкви в Словацкой Республике в Прешове. Согласно конституции, архиепископ Прага или Прешов может стать главой церкви с названием «Митрополит». Высшим каноническим авторитетом церкви является священный синод, состоящий из четырех епископов двух республик. В церкви есть восемь монастырей и одна средняя школа. Кандидаты на священство, учителя религии и этики и социальные работники проходят подготовку на православном богословском факультете Прешовского университета (Словакия) и в отдельном учебном центре в Оломоуце (Чешская Республика). Осознавая свою миссию, церковь создала Чешскую православную филантропию и словацкую православную филантропию, чтобы помочь нуждающимся.